Начало фильма, где Данила наблюдает съёмки клипа группы «Наутилус Помпилиус», происходит у стен крепости Корела в Приозерске, откуда герой отправляется в Петербург. Прибыв на Витебский вокзал, Данила идёт по центру города. Переходит Зимнюю канавку по Миллионной улице, любуется Медным всадником, мимо Казанского собора направляется к Аничкову мосту, заходит в дом на Мойке, 1.
После снова оказывается у Казанского, откуда направляется по Кирочной улице в музыкальный магазин Rock Island, где и сейчас можно купить диски Бутусова. Неестественная запутанность маршрута окупается его кинематографичностью — такие монтажные решения встретятся в фильме ещё не раз.
Покурив у Троицкого моста, Данила находит ночлег на чердаке неопознанного дома и утром знакомится с Немцем на Андреевском рынке Васильевского острова. Вместе они идут на Смоленское лютеранское кладбище — Алексей Балабанов похоронен неподалёку, на православном.
Васильевский вообще занимает отдельное место в судьбе режиссера: на 3-й линии Балабанов поселился сразу по приезде в Ленинград, любимый им остров красуется в эпизодах множества его фильмов, от «Трофима» и «Мне не больно» до «Кочегара» и «Я тоже хочу».
Скоротав ночь с бездомными друзьями Немца в кладбищенском склепе, наутро Данила сталкивается с кавказцами в трамвае, который идёт мимо Благовещенской церкви по Малому проспекту. Сейчас там трамвайных путей уже нет, однако, этот транспорт многократно увековечен как в «Брате», так и в других фильмах Балабанова — в «Счастливых днях» и «Про уродов и людей», где герои перемещаются на старом паровом трамвае.
Оказавшись снова у магазина Rock Island возле Анненкирхе, Данила сталкивается с иностранцами, ищущими клуб «Нора». В 1990-е это заведение располагалось на Лиговском проспекте, куда и направляет гостей города новая знакомая героя Кэт. Закупив в магазине дисков, Данила оказывается на Новосмоленской набережной, где обновляет гардероб в тогдашнем Доме фирменной торговли — в кадре мелькают знаменитые дома «на курьих ножках» у «Приморской». Герой совершает звонок в таксофоне у памятника Горькому возле метро имени писателя, проходит по двору «Дома торгово-промышленного товарищества» на Марата, 72, и снимает квартиру на Морской набережной возле гостиницы «Прибалтийская» — там же потом произойдёт перестрелка с киллером.
Данила выслеживает Чечена на Сенном рынке, который несильно с тех пор изменился, и находит место для отхода в проходном дворе Тучкова переулка. После выполнения заказа герой спасается от погони на служебном трамвае, который проезжает по Большой Разночинной улице — опять чудеса киношной топографии.
Вагоновожатую Свету, спасшую его от погони, Данила находит в 3-м трамвайном парке на Среднем проспекте — в наше время там открыт Музей городского электротранспорта, и иногда проходят вечеринки. Повседневный маршрут Светы пролегает от кольца на Смоленском кладбище по набережной Лейтенанта Шмидта через одноимённый мост, нынешний Благовещенский, однако, домой на Васильевский она возвращается с Петроградской стороны через Тучков мост.
В машине с бандитами Данила сидит возле Финского залива у «Прибалтийской» — сейчас береговая линия там отодвинулась за счёт ЗСД и насыпной территории, где построены новые жилкомплексы. Звонок брату герой совершает от Наличного моста у станции «Приморская» — в том же здании в наши дни открыт музей Петербургского метрополитена. Перед отъездом Данила снова проходит по оживлённому Невскому проспекту, вдоль залива, по набережной Невы напротив стрелки Васильевского острова, прощается с Немцем возле кладбища и с Кэт — в «Макдональдсе» у «Петроградской».