Об истории происхождения балалайки спорят до сих пор. В Энциклопедическом словаре Брокгауза и Ефрона говорится: «Когда и кем изобретена балалайка — неизвестно». Многие ученые полагают, что она произошла почти три столетия назад от домры, которую русские переняли от восточных племён. Струнный щипковый музыкальный инструмент был популярен у бродячих музыкантов и скоморохов.
В то время церковь враждебно относилась к струнным инструментам, в частности к домре. Священнослужители называли её «сосудом Диавола» и «бесовской игрой». Это привело к массовому уничтожению народного предмета. Есть версия, что именно из-за этого возникла балалайка: люди сменили название, охарактеризовали инструмент как предмет для забавы и развлечения, упростили изготовление — вместо полукруглых линий, как у домры, появился простой треугольник из дощечек. На балалайку перенесли старинный русский приём игры — бряцание по струнам кистью руки. Отсюда название — «брунька», «балабайка», «балалайка». Существует и другая версия. Некоторые ученые считают, что балалайка была заимствована у татар на четыре века раньше, чем в предыдущей версии.
Второе рождение балалайки связывают с именем Василия Васильевича Андреева. С ранних лет будущий исполнитель-виртуоз был увлечён фольклорной музыкой. Однажды он услышал, как самородок Антип играет на балалайке. Его поразила музыка на таком простом инструменте, и он загорелся его усовершенствовать.
В 1887 году он организовал «Кружок любителей игры на балалайках». Вновь по всей России начали «балалайкать» и вернулись в дома народные песни. Слушали игру и за рубежом. Кружок часто гастролировал, а на Всемирной выставке в Париже Андреева наградили Орденом Почетного легиона и Большой золотой медалью.
Следующий виток развития балалайки связан с другим именем — Бориса Сергеевича Трояновского. Его называли «русским Паганини» и «королём балалайки». Трояновский был не только популяризатором этого инструмента и отличным музыкантом, он делал обработки классических произведений, которые входили в репертуар балалаечника. По-новому зазвучали «Пляски смерти» К. Сен-Санса, «Испанское каприччио» Н. А. Римского-Корсакова и множество других произведений.
Сегодня балалайка — укоренившийся символ русского народа, важная часть культуры и душа всех частушек и запевов. Современные музыканты стараются чтить традиции первых профессиональных балалаечников, а этнографы — сохранять для них народную музыку, отправляясь в экспедиции в дальние деревни к старожилам.